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Empiler et humidifier des résidus organiques permet la décomposition biologique : un processus connu comme le compostage de déchets organiques. La technologie a été étendue pour inclure le traitement de déchets alimentaires, des déchets agricoles et des eaux usées. Plus récemment, la bioremédiation a été appliquée au traitement des déchets dangereux. C'est-à-dire permettant la remédiation des sols pollués et des eaux usés.
Bioaugmentation :
La bioaugmentation est une technique mettant en œuvre des micro-organismes (généralement des bactéries, nématodes, protozoaires, champignons) afin de traiter des zones touchées (sol et eau) par divers polluants carbonés, azotés ou phosphorés.
Les micro-organismes déjà présents dans les sols ou l’eau, ne sont pas capables de dépolluer, c’est pourquoi l’utilisation de microorganismes extérieurs est nécessaire. Il est possible que des modifications génétiques soient apportés aux souches inoculées, afin d’améliorer ou de permettre la dépollution.
L’utilisation de la bioaugmentation a pour exemple principal le traitement des eaux des villes par des boues actives (stations d’épuration). Les microorganismes présents dans ces boues, vont utiliser les polluants comme source d’énergie ainsi que de l’oxygène, c’est pourquoi il est nécessaire d’aérer les boues activées afin de permettre la survie et la croissance des microorganismes.