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Ils produisent des enzymes, des antibiotiques comme la pénicilline et des médicaments comme la cyclosporine qui sert à prévenir le rejet des greffes d’organes. Certains Penicillium servent à fabriquer des fromages – bleu, roquefort, brie, camembert – et la levure de bière, Saccharomyces cerevisae, transforme le sucre en alcool et libère des bulles de gaz carbonique qui font lever la pâte. En s’attaquant directement aux organismes vivants, les champignons parasites sont la cause de nombreuses maladies chez l’homme, les animaux et les plantes.
Ceratocystis ulmi a envahi l’Amérique du Nord après la Première Guerre mondiale et a pratiquement éliminé l’orme d’Amérique Ulmus americana. L’ergot du seigle, Claviceps purpurea, qui parasite les céréales, produit une molécule très proche de l’acide lysergique, un des composés du LSD hallucinogène. C’est un puissant vasoconstricteur à l’origine du feu de Saint Antoine, ou mal des Ardents, une maladie qui décima des milliers de personnes au Moyen Âge : après avoir consommé du blé parasité par ce champignon, les extrémités se gangrènent et tombent. Ce champignon contient par ailleurs une substance qui traite l’hypertension artérielle.